Genomas ya secuenciados
Especies cuyo genoma ha sido secuenciado en el Centro de Regulación del Genoma
Los Centros y colaboradores de la iniciativa 1000 Genomas han explorado la genómica de organismos chilenos y exóticos, relevantes para la conservación de nuestro patrimonio genético, los recursos naturales renovables, la agricultura y la acuicultura. Los tamaños de los genomas se expresan en Megabases (Mb) o Gigabases (Gb).
Cistanthe longiscapa. Planta del norte de Chile que aparece en los episodios de Desierto florido. Genoma secuenciado (800Mb).
4 especies del género Orestias. Peces Ciprinidontiformes del altiplano de Chile. Genomas secuenciados (1.4 Gb).
50 especies de plantas del altiplano de Atacama, II Región. Especies de diversos taxones encontrados entre los 2000 y 4000 msn. Transcriptomas secuenciados.
Cistanthe longiscapa. Planta del norte de Chile que aparece en los episodios de Desierto florido. Genoma secuenciado (800Mb).
Vitis vinifera, uva sultanina. Genoma secuenciado (466Mb).
Cynopoecilus melanotaenia. Pez Ciprinidontiforme que cohabita con Austrolebias en Uruguay. Genoma secuenciado (1.5Gb)
Rhinella spinulosa, anfibio que habita en la Cordillera de Los Andes, incluyendo el Geiser del Tatio. Transcriptoma secuenciado.
Salmo salar. Salmón del Atlántico, pez de cultivo. Proyecto apoyado por CORFO y realizado en conjunto con centros de Canadá y Noruega. Genoma secuenciado (3 Gb).
Piscirickettsia salmonis, bacteria patógena del salmón. Genoma secuenciado (3.2Mb).
Metagenómica del desierto. Hemos obtenido el genoma completo de más de 90 especies de bacterias que habitan en los áridos suelos del Desierto de Atacama asociados a las raíces de las plantas.
Bacterias biomineras. En conjunto con BioSigma, filial de CODELCO, hemos secuenciado 5 genomas de bacterias que ayudan a la recuperación de cobre desde los relaves.
Prunus persica. Durazno, fruto importante para la economía nacional. En conjunto con investigadores de la U de Chile, INTA y el International Peach Genome Initiative (250Mb).
Cianobacterias del Salar de Atacama. Hemos obtenido el genoma completo de una cianobacteria que sobrevive en la sal y que es potencial fuente de pigmentos y antibióticos (Colaboración con la Dra. Alexandra Galetović, U. de Antofagasta).
Metagenómica del suelo antártico. Hemos obtenido muestras de suelos en diversos puntos del Territorio Antártico Chileno y se han obtenido secuencias completas (ensambladas) de alrededor de 10 especies de bacterias. También hemos secuenciado ADN de los metagenomas de especies que habitan en estos suelos. El objetivo es identificar nuevos genes de antibióticos y de resistencia a antibióticos (colaboración con los Dres. Rosalba Lagos y Andrés Marcoleta, U de Chile).
Genomas de virus presentes en las deposiciones de los murciélagos, para caracterizar la posible presencia de virus patogénicos. (Colaboración con el Dr. Gonzalo Barriga, U de Chile.